羅馬正教的黑暗部「神之右席」的後方之水終於行動了。這個兼具「聖人」力量與「神之右席」的「特性」，最強大、難纏的敵人，為了上条當麻的「右手」而侵入學園都市。接到後方之水事前宣告的英國清教，派出天草式十字淒教的五和擔任上条的保鑣。住進上条家以便護衛的五和，憑著精湛的料理技術與貼心的照顧，甚至威脅到老是白吃白喝白住的修女茵蒂克絲。看到天差地別的兩人，讓上条不禁流下兩行清淚…然而和平的時光並不長久，最強最大的敵人終於出現！

羅馬正教的黑暗部「神之右席」的後方之水終於行動了。這個兼具「聖人」力量與「神之右席」的「特性」，最強大、難纏的敵人，為了上条當麻的「右手」而侵入學園都市。接到後方之水事前宣告的英國清教，派出天草式十字淒教的五和擔任上条的保鑣。住進上条家以便護衛的五和，憑著精湛的料理技術與貼心的照顧，甚至威脅到老是白吃白喝白住的修女茵蒂克絲。看到天差地別的兩人，讓上条不禁流下兩行清淚…然而和平的時光並不長久，最強最大的敵人終於出現！

上里翔流銷聲匿跡後過了三天。 上条轉而面對下一場戰鬥，然而在前方等待著他的， 卻是以身穿泳裝的食蜂操祈和御坂美琴為首，全是千金小姐的常盤台中學……？ 季節是冬季，儘管是十二月──學園都市的氣溫卻超過攝氏五十度。 原因不明的大熱浪，讓學園都市的各種設施停擺， 就在這時，「無法預測的威脅」到來。 元素。 在炎熱地獄裡徘徊的異形怪物。 即使擁有唯一能夠對抗他們的「右手」，來到激戰地點的上条依舊寡不敵眾。 當他窮途末路時，出現在眼前的， 是穿戴著異形機械「反魔法式驅動鎧甲」的那名少女……？

上里翔流銷聲匿跡後過了三天。 上条轉而面對下一場戰鬥，然而在前方等待著他的， 卻是以身穿泳裝的食蜂操祈和御坂美琴為首，全是千金小姐的常盤台中學……？ 季節是冬季，儘管是十二月──學園都市的氣溫卻超過攝氏五十度。 原因不明的大熱浪，讓學園都市的各種設施停擺， 就在這時，「無法預測的威脅」到來。 元素。 在炎熱地獄裡徘徊的異形怪物。 即使擁有唯一能夠對抗他們的「右手」，來到激戰地點的上条依舊寡不敵眾。 當他窮途末路時，出現在眼前的， 是穿戴著異形機械「反魔法式驅動鎧甲」的那名少女……？

學園都市的新學期第一天。那是上条當麻的學校出現「神秘轉學生」的日子，是茵蒂克絲頭一次交到「朋友」的日子，是御坂美琴與茵蒂克絲首度面對面的日子，是夾在她們之間的上条當麻依舊不幸的日子，是旁觀事情發展的白井黑子嫉妒上条的日子……然後，也是某個魔法師向學園都市襲擊的日子！在特別警戒宣言下的學園都市，當科學與魔法交會之際，上条當麻的故事就此展開－－！

處理在學園都市暗部所發生事件的「集團」。由最強等級5超能力者一方通行，以及既為魔法師也是能力者的土御門元春等人所構成的這個小組，針對「龍」這個關鍵字開始進行調查。他們相信，這是能打破目前「狗屁倒灶」現狀的唯一手段。另一方面，高層也有人對他們的擅自行動開始感到煩躁。這個人正是擁有學園都市最高權力的統括理事會成員之一。他的強大勢力，開始向「集團」張牙舞爪&hellip繼15集與SS系列後，「學園都市暗部」篇登場！

由於亞維農的侵攻作戰，造成學園都市沒有了治安部隊。成為無法治地帶的此地，黑暗組織在暗中活躍。其中，有為了自己行動的人。愛好黑暗，以嗜殺為樂的人。意圖打碎他人希望的人。為了重要的人而戰的人。向上層挑戰的人。想除掉叛亂份子的人。試圖以暴力阻止失控的人。在科學支配一切的這城市裡，能存活下來的是……當「集團」的等級5超能力者一方通行，與謎樣的組織「學校」相遇，故事就此展開──！

企圖引起魔法側和科學側之間的戰爭，魔法師雪莉．克倫威爾出現在上条當麻面前。究竟，她意圖引起戰爭的目的是什麼呢‥‥‥？而身為神祕的虛數學區‧五行機關的關鍵的風斬冰華，其真面目出乎意料地竟然是‥‥‥？〈風斬冰華篇〉就此完結!!

這裡是令所有學園都市女學生們，稱羨不已的貴族女校常盤台中學。想當然爾，這裡的學生都是「千金大小姐」。「千金大小姐」之一御坂美琴上完了體育課，來到浴室沖澡。這時，隔壁傳來了少女的說話聲。白井黑子。身為維護學園都市治安的「風紀委員」，同時也是擁有空間移動能力的等級4大能力少女。她邀約美琴放學後一同逛街購物。──就這樣，黑子的漫長一日開始了。在這漫長的一日中，黑子輕輕揭開了姊姊御坂美琴的神秘面紗……當「姊姊」與「那位先生」交會之際，白井黑子的故事就此展開!?

由上条當麻與吹寄制理的日常生活話題為開端，變成了全班的火鍋派對，可是卻讓小萌老師大為困擾!?在倫敦，由魔法師少女們所交織的混亂（？）一天是怎麼回事？墜入學園都市黑暗面的一方通行。等待著他的是什麼？跟放電國中妹長得一模一樣的容貌。她來到學園都市的理由是？補完《魔法禁書目錄》本篇的SS系列登場，收錄4個短篇故事。